这一版本版本最大的改进就是可以不需要再将PE的两端数据合并到一起了，使用-separate参数可以使用两端分离的PE数据，其他没啥变化（难道这还不够你尖叫的吗？！），使用方法如下：
velveth Assem 31 -shortPaired -fasta -separate left.fa right.fa
这一版本版本最大的改进就是可以不需要再将PE的两端数据合并到一起了，使用-separate参数可以使用两端分离的PE数据，其他没啥变化（难道这还不够你尖叫的吗？！），使用方法如下：
velveth Assem 31 -shortPaired -fasta -separate left.fa right.fa
2011-3-29日发布了velvet最新版本1.1.01，在这一版本中终于支持多线程运行了！！
速度可以提高4-10倍，还有一些另外的修改，附上作者的原话：
Dear Velvet users, it is my pleasure to announce the release of Velvet 1.1.01! Sylvain Forêt from ANU did a excellent job multithreading Velvet, meaning that it can use multiple CPUs on the same computer, thus freeing up the computer that much faster. 4 to 10 fold accelerations have been reported. He also reduced the memory footprint, and improved the use of mate-pairs, filtering out paired-end contamination. Also in this new version Yasubumi Sakakibara and colleagues shared their MetaVelvet code, which is designed to analyze metagenomic data. Regards, Daniel
这个版本主要是修正了几个bug，加了一些小功能：
1、重新加入了每个标准输出信息的时间戳；
2、在帮助增添了对于k-mer长度的说明；
3、捕获写文件时发生的错误；
4、修正文件访问权限；
5、消除编译时的警告和错误；
6、修正一个死循环的bug；
7、修正一个内存溢出问题；
8、加入-clean和-very_clean参数，-clean选项会清除Graph和Graph2之外的文件，-very_clean选项会清除所有文件。
目前用于新一代的测序的主要仪器有Illumina/Solexa的Genome Analyzer、ABI的Solid和Roche的454，它们都能高通量的测序，产生大量的测序结果，接下来就要对序列进行拼接，用于拼接的软件也有很多，比如velvet、soap、abyss、maq等，454的还有专门的newbler。平时用velvet比较多，就简单介绍一下。
velvet对短序列的拼接效果比较好，所以多用于对Illumina等产生的短序列片段进行组装拼接。下面以Illumina的GAII产生的结果为例进行说明。