Velvet 1.2.06 发布

这一版本版本最大的改进就是可以不需要再将PE的两端数据合并到一起了,使用-separate参数可以使用两端分离的PE数据,其他没啥变化(难道这还不够你尖叫的吗?!),使用方法如下:

velveth Assem 31 -shortPaired -fasta -separate left.fa right.fa
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序列拼接软件velvet 1.1.01发布

2011-3-29日发布了velvet最新版本1.1.01,在这一版本中终于支持多线程运行了!!
速度可以提高4-10倍,还有一些另外的修改,附上作者的原话:

Dear Velvet users,

it is my pleasure to announce the release of Velvet 1.1.01!

Sylvain Forêt from ANU did a excellent job multithreading Velvet, 
meaning that it can use multiple CPUs on the same computer, thus freeing 
up the computer that much faster. 4 to 10 fold accelerations have been 
reported. He also reduced the memory footprint, and improved the use of 
mate-pairs, filtering out paired-end contamination.

Also in this new version Yasubumi Sakakibara and colleagues shared their 
MetaVelvet code, which is designed to analyze metagenomic data.

Regards,

Daniel
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序列拼接软件velvet 1.0.14发布

这个版本主要是修正了几个bug,加了一些小功能:

1、重新加入了每个标准输出信息的时间戳;

2、在帮助增添了对于k-mer长度的说明;

3、捕获写文件时发生的错误;

4、修正文件访问权限;

5、消除编译时的警告和错误;

6、修正一个死循环的bug;

7、修正一个内存溢出问题;

8、加入-clean和-very_clean参数,-clean选项会清除Graph和Graph2之外的文件,-very_clean选项会清除所有文件。

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新一代测序技术组装拼接软件velvet使用简介

目前用于新一代的测序的主要仪器有Illumina/Solexa的Genome Analyzer、ABI的Solid和Roche的454,它们都能高通量的测序,产生大量的测序结果,接下来就要对序列进行拼接,用于拼接的软件也有很多,比如velvet、soap、abyss、maq等,454的还有专门的newbler。平时用velvet比较多,就简单介绍一下。

velvet对短序列的拼接效果比较好,所以多用于对Illumina等产生的短序列片段进行组装拼接。下面以Illumina的GAII产生的结果为例进行说明。

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