这个版本主要是修正了几个bug，加了一些小功能：
1、重新加入了每个标准输出信息的时间戳；
2、在帮助增添了对于k-mer长度的说明；
3、捕获写文件时发生的错误；
4、修正文件访问权限；
5、消除编译时的警告和错误；
6、修正一个死循环的bug；
7、修正一个内存溢出问题；
8、加入-clean和-very_clean参数，-clean选项会清除Graph和Graph2之外的文件，-very_clean选项会清除所有文件。
序列拼接软件velvet 1.0.14发布
Comments
6 responses to “序列拼接软件velvet 1.0.14发布”
-
你好，我最近在学Velvet，但是参数设置上很多地方不明白，能回信告诉我你的联系方式么？希望能互相交流下。
-
@Jason:
有什么问题可以在这里提出，建议你先仔细看一遍manual~
-
-
你有没有试过用已知基因组序列物种的测序数据来做denovo assembly，然后将得到的contig与该物种的参考序列去比对？我分别用velvet和soap denovo对GA上机标准品phiX的测序数据做了denovo assembly，将得到的contig与phiX的序列比较，contig的大小与参考序列的大小差不多（都是5.4k），但是很多片段比对不上。
组装前已经filter了低质量的read，得到了60M高质量的（quality Q>30） percent>60的数据，相对于5.4k的参考序列，覆盖率肯定是足够的了，虽然读长较短（trim到了25bp），也不是paired-end文库，但是read depth够深了，所以不是很能理解为什么比对不上。-
@Jason:
我没有用phiX测试过这个情况，不太清楚phiX序列是怎么样的。
你试过直接用reads去跟reference比对吗？有多少不能比对上呢，如果reads能比上那就是拼接效果不好，如果reads有很多比不上，说明测序有问题。
-
-
恩，确实，可能是这次的数据质量不高，我再去SRA下个E.coli的数据试试。
我想问下你组装时的流程是怎么样的？怎样才能知道组装的结果是可信的呢？-
@Jason: 拼接流程应该跟你一样的，先低质量过滤，然后用velvet拼接。组装结果的可信度就是你对这个软件的信任程度了，现在的deno assembly没有完全准确拼接的软件，基本上也不可能出现，只能是相信它给的结果，如果有reference可以对比着看一下。
-
Leave a Reply
You must be logged in to post a comment.