-
Godaddy冬日$1.49优惠码（2011年1月-2月）
优惠内容: Register or transfer any available .COM, .US, .MOBI, .BIZ, .NET, .ORG, .CA, .CO.UK and .IN domain for just $1.49!* 优惠码: winter149 有效期: expiring after 10,000 redemptions or at 11:59 PM on February 16, 2011 (whichever comes first) 支付方式: 信用卡或者支票,不支持支付宝 SPECIAL OFFER! $1.49* DOMAIN NAME! Register or transfer any available .COM, .US, .MOBI, .BIZ, .NET, […]
-
用Amos软件包里面的minimus2合并454和Illumina/Solexa拼接得到的contig
用罗氏454测序得到的序列用newbler拼接的效果最好，而用短序列拼接软件velvet拼接效果很差，所以不能将454的原始reads和Illumina产生的reads合到一起后用velvet进行拼接。在用newbler和velvet分别拼接454和Illumina的reads得到contigs之后，我们就需要将两者的contig再合并起来，得到更好的拼接结果。这里就介绍一个简单易用的软件minimus2。 minimus2是amos拼接软件包里面的一个组件，它的功能就是将两组contig进行合并，延伸contig的长度，减少contig的数量。Amos是A Modular, Open-Source whole genome assembler的缩写，致力于打造成一个拼接软件的基础软件系统。minimus2用的是基于nucmer overlap检测的算法，速度上比Smith-Waterman hash-overlap的算法要快，下面就介绍一下用法。 首先当然是下载amos软件包进行安装，下载地址为：http://sourceforge.net/projects/amos/files/ 安装啥的就不说了，根据说明来就行。安装完成之后，minimus2软件位于amos安装文件夹下的bin里面。在运行minimus2之前首先要准备好文件，比如现在有s1.fa和s2.fa两组包含contig的文件，首先要知道里面包含的contig数目，针对fasta格式，用 grep -c “^>” s1.fa s2.fa 命令得到，比如分别为100和200个contig。 然后用cat命令合并到一个文件： cat s1.fa s2.fa >s1_s2.fa 再用amos里面的另一个软件toAmos转换成Amos格式，这个软件也位于bin文件夹下面 ./toAmos -s s1_s2.fa -o s1_s2.afg 这里的-s是指输入的为fasta格式。 然后就可以运行minimus2了 minimus2的运行参数为： minimus2 prefix \ -D REFCOUNT=n \ # Number of sequences is the first set -D OVERLAP=n \ # Minimum overlap (Default 40bp) -D CONSERR=f […]
-
Godaddy最新com转移注册优惠码（2010年12月）
Godaddy最新com转移注册优惠码：holiday99 优惠内容: 注册或者转移任何.com域名只需0.99刀. 过期时间: 10,000 redemptions或者on December 13, 2010(美国时间) 2012年12月14日验证可用~ 更快的优惠可以到我友情链接的包子那边蹲点~
-
蛋疼的live mesh，重回dropbox怀抱
自从dropbox被gfw宠幸之后，我开始使用live mesh,用着感觉还可以，没想到的是微软推出了live mesh 2011之后宣布不再支持win xp系统，而从某一天开始我xp上的客户端也再也没法登陆了。今天在另一台电脑上安装上了live essentials 2011套装，想再感受下live mesh 2011，更蛋疼的事情发生了，2011版的mesh同步的是skydrive syncd folders，而不是原先的mesh文件夹了，于是所有文件还得重新同步。。。于是打算把mesh打入冷宫了，回到xp的电脑上，重新打开了dropbox客户端，把一些重要的文件丢进去备份了。客官大概要问dropbox不是被和谐了吗，不过有修改hosts大法可以继续使用dropbox客户端，往hosts文件中添加以下内容： 174.36.30.67 dropbox.com 174.36.30.71 www.dropbox.com 75.101.129.115 dl.dropbox.com 75.101.159.151 dl-web.dropbox.com 174.36.30.67 forums.dropbox.com 这样修改之后客户端就可以正常使用了，不过网站还是偶尔才能打开。同时就发一下dropbox的邀请链接增加点容量,通过邀请注册可以增加256M的初始容量，如何访问网站只能你自己想办法了： https://www.dropbox.com/referrals/NTE3NTAwNzI5?src=global0 不过dropbox只能同步一个文件夹的问题也有点麻烦，只能用来同步一些重要和及时的东西，于是也把SugarSync从电脑中唤醒了，因为它可以自定义同步的文件夹，这个还没有被gfw宠幸，就用来同步些乱七八糟的文件夹，它的起始容量有5G，比dropbox的大方多了。不过高的资源占用和慢的传输速度还是很难忍受，就偶尔开一下吧。也放一个邀请： https://www.sugarsync.com/referral?rf=deoimykhk2m86 牢骚就到这吧~
-
应用于第二代测序技术的生物信息学工具[zz]
刚才闲逛发现了这篇被多家博客转载的文章，来自于SEQanswer，总结地比较全面，不过已经比较老了，随便看看~ Integrated solutions * CLCbio Genomics Workbench – de novo and reference assembly of Sanger, Roche FLX, Illumina, Helicos, and SOLiD data. Commercial next-gen-seq software that extends the CLCbio Main Workbench software. Includes SNP detection, CHiP-seq, browser and other features. Commercial. Windows, Mac OS X and Linux. * Galaxy – Galaxy = interactive and reproducible […]
-
用WP-PostViews插件显示wordpress每篇文章的浏览次数
先从插件管理那边找到WP-PostViews，进行安装。安装完成之后在widgets那边就有了一个WP-PostViews的一个浏览排行组件。如果想要让每篇文章显示浏览次数，就修改模板首页(index.php)和内容页(single.php)，在appearance那里的editor里面找到Main Index Template (index.php)，我想把浏览次数放在评论数之后，于是找到<?php comments_popup_link(__(‘No Comments’), __(‘1 Comment’), __(‘% Comments’)); ?>，在后面插入<?php if(function_exists(‘the_views’)) { the_views(); } ?>，文件的内容由于模板的不同会有所不一样，这个要自己去了解一下。在Single Post(single.php)中也同样找到合适的位置插入<?php if(function_exists(‘the_views’)) { the_views(); } ?>。还可以显示页面的浏览次数，只要同样修改Page Template (page.php)就可以了。
-
gnome mplayer 报错“无法打开 VDPAU backend libvdpau_nvidia.so: cannot open shared object file: No such file or directory”的解决办法
选择菜单“编辑”->“首选项” “播放器”面板当中“视频输出:”设置为“xv”即可解决
-
得分矩阵PAM与BLOSUM的比较与区别
对于蛋白质序列，计分矩阵主要用于记录在做序列比对时两个相对应的残基的相似度，一旦这个矩阵定义好了以后，比对程式就可以利用这个矩阵，尽量将相似的残基排在一起，以达到最好的比对。 得分矩阵主要有两种，第一种就是PAM（Point Accepted Multation)，另一种就是BLOSUM。 1、PAM矩阵（Point Accepted Mutation） 基于进化的点突变模型，如果两种氨基酸替换频繁，说明自然界接受这种替换，那么这对氨基酸替换得分就高。一个PAM就是一个进化的变异单位, 即1%的氨基酸改变，但这并不意味100次PAM后，每个氨基酸都发生变化，因为其中一些位置可能会经过多次突变，甚至可能会变回到原来的氨基酸。 PAM矩阵的制作步骤： 构建序列相似（大于85％）的比对 计算氨基酸 j 的相对突变率mj（j被其它氨基酸替换的次数） 针对每个氨基酸对 i 和 j , 计算 j 被 i 替换次数 替换次数除以相对突变率（mj） 利用每个氨基酸出现的频度对j 进行标准化 取常用对数，得到PAM-1(i, j) 将PAM-1自乘N次，可以得到PAM-N。 这种矩阵的缺点是一旦PAM1的矩阵有效地误 差，那么自乘250后得到的PAM250矩阵的误差就会变得很大。如，PAM120矩阵用于比较相距120个PAM单位的序列。 一个PAM-N矩阵元素（i，j）的值： 反应两个相距N个PAM单位的序列中第i种氨基酸替换第j种氨基酸的频率。 针对不同的进化距离采用PAM 矩阵 序列相似度 = 40% 50% 60% | | […]
-
万圣节的礼物：Godaddy域名注册转移$1优惠码(2010年10月28-11月27)
优惠码：scaryone 优惠范围及幅度：注册或者转移.COM, .US, .MOBI, .BIZ, .NET, .ORG, .CA, .CO.UK, .IN域名仅需$1.00 截止日期：10000个名额或者2010.11.27 付款方式：信用卡、支票
-
序列拼接软件velvet 1.0.14发布
这个版本主要是修正了几个bug，加了一些小功能： 1、重新加入了每个标准输出信息的时间戳； 2、在帮助增添了对于k-mer长度的说明； 3、捕获写文件时发生的错误； 4、修正文件访问权限； 5、消除编译时的警告和错误； 6、修正一个死循环的bug； 7、修正一个内存溢出问题； 8、加入-clean和-very_clean参数，-clean选项会清除Graph和Graph2之外的文件，-very_clean选项会清除所有文件。