序列拼接软件velvet 1.1.01发布

2011-3-29日发布了velvet最新版本1.1.01，在这一版本中终于支持多线程运行了！！
速度可以提高4-10倍，还有一些另外的修改，附上作者的原话：

Dear Velvet users,

it is my pleasure to announce the release of Velvet 1.1.01!

Sylvain Forêt from ANU did a excellent job multithreading Velvet, 
meaning that it can use multiple CPUs on the same computer, thus freeing 
up the computer that much faster. 4 to 10 fold accelerations have been 
reported. He also reduced the memory footprint, and improved the use of 
mate-pairs, filtering out paired-end contamination.

Also in this new version Yasubumi Sakakibara and colleagues shared their 
MetaVelvet code, which is designed to analyze metagenomic data.

Regards,

Daniel

用junction/mklink命令实现dropbox、everbox和金山T盘等的多文件夹同步

dropbox、erverbox和金山T盘都必须把要同步的文件夹放到相应的地方，确实挺麻烦的，之前在网上也看到过用junction命令来实现dropbox多文件夹同步的方法，junction就是建立文件夹之间的联接，可以认为是个比较高级的快捷方式。不过当时也没需求，就没去折腾。现在同步和备份的工具用得多起来了，发现还是有这个必要，于是今天就研究了一下junction用法。在xp系统下，junction命令要用微软开发的小程序junction.exe实现，从http://live.sysinternals.com/可以下载到，在win7下面已经整合了这个功能，通过mklink这个命令实现。下面针对不会命令行的用户讲解在xp下junction的用法（高级用户可跳过这部分内容），首先运行cmd命令打开命令行窗口，然后输入junction.exe所在的盘符加:(如e:)后回车进入相应磁盘，然后通过cd命令进入junction.exe所在文件夹，如果我的junction程序放在e盘下software/junction文件夹下面，那么命令就是cd software\junction，进入程序所在目录，然后输入junction可以看到帮助。
现在讲junction的使用方法，比如你想在“e:\my dropbox”下面建立文件夹”e:\picture”的联接，新建的文件夹名称可以自定义，但是这个文件夹不能已经存在，这里还是用picture这个文件夹名称，命令就是：
junction “e:\my dropbox\picture” e:\picture 如果路径中有空格的时候就要用引号括起来。这样就完成了一个文件夹联接的创建，你在”e:\my dropbox\picture”和”e:\picture”中所做的修改都是一样的。对于这样在dropbox里面建立junction文件夹，而实际文件夹在其他地方的时候，dropbox只在第一次和每次重启时才会进行同步，这个情况在everbox和金山T盘中也同样存在，不过dropbox和everbox可以通过暂停同步后再开启同步实现联接文件夹的同步，金山T盘可以在t盘中点右键选择立即同步也可以完成。
所以最好的方法是将真实的文件夹放在dropbox当中，然后在你常用的地方建立相应的junction文件夹，这样对于你的使用没有任何区别，但是可以实现实时同步。
如果要解除联接，可以直接删除联接文件夹，或者使用命令：junction -d “联接文件夹”
相信现在你已经可以用junction来管理你的dropbox等同步目录了。
接下来再简单介绍一下mklink的用法，mklink是在vista/win7下的junction工具，同样在cmd命令行下使用，它有三个不同的参数分别是：
mklink /D “junction文件夹” “目标文件夹”，建立文件夹符号链接；
mklink /J “junction文件夹” “目标文件夹”，建立文件夹联接，这个跟junction的功能一致；
mklink /H “junction文件夹” “目标文件夹”，建立硬链接；
如果不加参数默认是建立文件的链接，更具体的介绍可以搜索一下，因为我现在在xp下面，没法试用，试过之后再说吧~
Enjoy it！

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写着只能新用户，应该用新的信用卡就可以了。
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Dropbox解封了

今天无意中登陆dropbox网站，发现不用爬墙也可以访问了，这是值得庆幸的事。网上搜了一下，发现解封已经是上个月的事，据说是因为换了IP引起的，但由于我是修改过hosts文件的，所用IP是174.36.30.67，所以IP一说又不准确了，同样的IP，我之前只能登陆客户端但是网页无法访问，现在是网页也可以访问了，不过只能通过https的安全链接，普通链接还是不行。不管怎么说，能够解封是件好事，有兴趣的赶紧注册，不用辛辛苦苦地爬过墙去注册了。邀请链接也开始用缩短域名了：http://db.tt/he5Lohh

又一文件同步网站sugarsync被和谐了~

刚刚在之前一篇文章中提到sugarsync还没被和谐，不过这个说法很快就不成立了，就在前几天大家发现sugarsync网站也无法登陆了，不过我试了一下客户端还可以自动同步。好像gfw也关注着文件同步的热门软件，谁热门就封谁，这是在为国内软件铺路吗？！
说到国内的同步软件，我最近又尝试了金山T盘，冲着它的1T容量去的，现在还处于测试阶段，需要邀请码注册，每天下午14:00发放10000个。T盘是在电脑上建立一个1T的虚拟磁盘T盘，但是会在电脑的最大分区中建立一个镜像用来保存本地文件，然后所有放到这个虚拟磁盘下的文件都会自动同步到服务器，于是这个所谓的1T空间首先要保证自己电脑上有足够的空间才行了。由于现在还处于beta阶段，小问题不少，比如我两台电脑同步的时候，一台电脑中明明还没同步完成，但是它认为已经同步好了，必须要把该同步文件夹取消同步再选择同步之后才重新计算同步的文件。另外就是网速的限制和文件最大100M的限制。不过大空间确实可以解决一些问题，希望能做得越来越好吧。
另外再介绍一款国外的同步软件syncplicity吧，跟sugarsync类似，可以同步多文件夹，也可以直接右键选择同步，使用起来比sugarsync还方便一点，希望能坚持久一点，你懂的。放个邀请链接吧：点我注册Syncplicity
在写这篇文章的时候电脑开了dropbox、live mesh、sugarsync、金山T盘和刚安装的syncplicity，其实选择一两款适合自己的就好了，太多了反而会纠结，that’s all！

手把手教你使用Bitvise SSH Client (Bitvise Tunnelier)设置SSH代理服务器

关于设置ssh代理服务器的文章网上也一大坨了，用的最多的软件是MyEnTunnel，也有pietty和putty等，不过我个人还是喜欢使用这个tunnelier,此软件对个人用户免费。

首先当然是下载这个软件了，下载地址为：https://www.bitvise.com/ssh-client-download

安装后打开看到如下界面：

在Host处输入ssh服务器地址，域名或者IP均可；Port默认22一般不用改；Username就是SSH的用户名，Initial method选择password，然后输入密码，再把下面保存密码前的框打上勾；完成后设置如下：

然后点击Services标签，界面如下：

将Enabled前面的框勾上，默认的本地地址127.0.0.1不用改，默认端口Listen Port是1080，这个跟ftp的端口可能会有冲突，所以可以改成大一点的数字，比如8888，其他不用改。完成后设置如下：

这样就已经设置完成了，直接点击Login就可以登录并架设本地代理，这时候默认会打开terminal和sftp窗口，如果不想登录的时候默认打开这两个可以到Options标签下面将Open Terminal和Open SFTP前的勾去掉，这些完成之后可以点击左边的save profile as保存当前设置，以后打开软件的时候就直接打开当前设置了。完成后设置如下：


Tunnelier的设置到此就全部完成了，接下来就是在浏览器里面设置代理了，推荐用firefox+foxyproxy或者chrome+proxy switchy，切换代理都比较方便，这个不再赘述，上面的也写得有些啰嗦，有些客官可能已经看得不耐烦了吧，希望对新手有用。另外，免费的SSH账号可以到我的友情链接那边找~

长假七天过

长假七天过去了，不过寒假还有那么几天~还能在家呆上几天。现在过年除了大家凑在一起吃饭的时候能够感觉是在过年外，其他真的是一点年味都没有了。不过今年过年这几天天气真是不错，很暖和，一点都不冷，不过这两天冷空气又来了，继续搓手跺脚取暖。前几天接到了薛老师新的翻译任务，于是这几天也开始动手翻了，找回一点在学校的感觉，也活动一下被美食充满的大脑。不过天气冷了，活动能力就降低了（冷血动物的特点），于是动作也就慢多了，还是看电视比较适合。于是，我看电视去了。。。