Illumina/Solexa测序Reads质量过滤软件包

刚刚在群组中看到SolexaQA软件包的发布,发表在BMC Bioinformatics上的文章,三大组件用途:

* SolexaQA -- 从Fastq文件统计reads质量并可视化显示。
* DynamicTrim -- 根据用户设定的测序质量阈值过滤低质量碱基。
* LengthSort -- 根据用户设定的Reads长度过滤质量过滤后低于此长度的Reads。 
软件下载地址:http://solexaqa.sourceforge.net/
文章地址: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/11/485
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2 Comments

  1. insidi says:

    急求一个问题,solexa的数据结果,首先不是应该去除3′ adapter,然后去除低质量区域吗?那么去除3′ adapter怎么去除呢?

    • 丁丁 says:

      @insidion:你测得长度多少,怎么会有3’的adapter序列呢?这个软件包里好像也有脚本可以截掉两端的特定长度序列

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