Illumina/Solexa测序Reads质量过滤软件包

刚刚在群组中看到SolexaQA软件包的发布,发表在BMC Bioinformatics上的文章,三大组件用途:

* SolexaQA -- 从Fastq文件统计reads质量并可视化显示。
* DynamicTrim -- 根据用户设定的测序质量阈值过滤低质量碱基。
* LengthSort -- 根据用户设定的Reads长度过滤质量过滤后低于此长度的Reads。 
软件下载地址:http://solexaqa.sourceforge.net/
文章地址: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/11/485
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Illumina/Solexa培训班数据分析文档:GA Data Analysis

此文档主要讲解了由Illumina的Genome Analyzer测序仪产生的tiff图像文件分析得到包含reads序列文件的过程,包括Primary Data Analysis中的Real Time Analysis (RTA)和Off-Line base caller(OLB)的原理和使用介绍;还有后续的Secondary Analysis中的Consensus Assessment of Sequence And VAriation (CASAVA)的使用介绍,包括GERALD的使用和Variant Detection and Counting的方法。最后还有他们公司自身开发的可视化软件Genome Studio的介绍。具体的大家看文档吧~~

ppt转成的pdf格式文件,放在了google docs上面,通过以下链接访问:
https://docs.google.com/fileview?id=0BwAqqiDz4fBVNzViNzkzMDktNGI3Ny00N2Y1LTk2MTgtMjRhN2Q3OGIxNjFi&hl=en
如果无法访问可以根据此文章中的方法修改hosts文件:http://www.dingding.biz/archives/181

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