Protein Blast中Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST区别与选择

说完blastn,接着说blastp~blsatp中也有三个不同的算法可以选择,如下:

blastp (protein-protein BLAST)就是简单地进行蛋白与蛋白的比对,寻找蛋白质相似序列;

PSI-BLAST (Position-Specific Iterated BLAST)叫做位点特异性迭代比对,它在蛋白质数据库中循环搜索查询蛋白质,所有前一次被psi-blast发现的统计显著蛋白质序列将整合成新记分矩阵,通过多次迭代比对,直到不再发现统计显著的新蛋白质;

PHI-BLAST (Pattern Hit Initiated BLAST)可以在搜索的时候限定蛋白质的模式(pattern),只给出包含此模式的比对结果。

您可能感兴趣的文章:

Join the Conversation

1 Comment

Leave a comment