Comments for 丁丁博客 http://www.dingding.biz Look for Myself Mon, 20 Feb 2012 07:24:53 +0000 hourly 1 http://wordpress.org/?v=3.3.1 Comment on 龙年了，给大家拜个年！ by 大尚网 http://www.dingding.biz/archives/419#comment-6943 大尚网 Mon, 20 Feb 2012 07:24:53 +0000 http://www.dingding.biz/?p=419#comment-6943 呵呵，龙年大吉呀，博主 呵呵，龙年大吉呀，博主

]]> Comment on 用Amos软件包里面的minimus2合并454和Illumina/Solexa拼接得到的contig by 丁丁 http://www.dingding.biz/archives/297#comment-6275 丁丁 Wed, 25 Jan 2012 13:03:49 +0000 http://www.dingding.biz/?p=297#comment-6275 @Enhua Xia 要不要用454的数据看数据的质量和你后面的处理了。如果对PE的数据有补充的话可以用一下，先把reads相互map一下吧，看看重叠怎么样 @Enhua Xia 要不要用454的数据看数据的质量和你后面的处理了。如果对PE的数据有补充的话可以用一下，先把reads相互map一下吧，看看重叠怎么样

]]> Comment on 用Amos软件包里面的minimus2合并454和Illumina/Solexa拼接得到的contig by Enhua Xia http://www.dingding.biz/archives/297#comment-6020 Enhua Xia Tue, 17 Jan 2012 06:48:13 +0000 http://www.dingding.biz/?p=297#comment-6020 嗯 是同一个种 当时就只测了一小点454 可是不用吧 又心疼浪费钱 用吧454又有点少，悲剧 能给点意见吗 怎么结合二者用呢？ 谢谢 嗯 是同一个种 当时就只测了一小点454 可是不用吧 又心疼浪费钱

用吧454又有点少，悲剧
能给点意见吗
怎么结合二者用呢？
谢谢

]]> Comment on 用Amos软件包里面的minimus2合并454和Illumina/Solexa拼接得到的contig by 丁丁 http://www.dingding.biz/archives/297#comment-5625 丁丁 Thu, 05 Jan 2012 14:21:58 +0000 http://www.dingding.biz/?p=297#comment-5625 @Enhua Xia 你测的是一样的东西吗，为什么454和solexa测出来的大小差那么多呢？minimus2合并不起来说明两者之间能相互覆盖的太少了，没有合并的都被丢弃了 @Enhua Xia 你测的是一样的东西吗，为什么454和solexa测出来的大小差那么多呢？minimus2合并不起来说明两者之间能相互覆盖的太少了，没有合并的都被丢弃了

]]> Comment on 用Amos软件包里面的minimus2合并454和Illumina/Solexa拼接得到的contig by Enhua Xia http://www.dingding.biz/archives/297#comment-5620 Enhua Xia Thu, 05 Jan 2012 12:28:19 +0000 http://www.dingding.biz/?p=297#comment-5620 楼主你好！ 我现在有小部分454数据。。用Newbler装成了contigs（大约9.4M contigs）。。然后还有大量Solexa的数据。。用SOAPdenovo也装成了contigs(大约装成了134Mcontig)。。现在我用amos的minimus2合并二者。。结果才得到了17K的合并后fasta。。悲剧。。这是什么情况呢？麻烦楼主有空解答一下。。谢谢：D 楼主你好！
我现在有小部分454数据。。用Newbler装成了contigs（大约9.4M contigs）。。然后还有大量Solexa的数据。。用SOAPdenovo也装成了contigs(大约装成了134Mcontig)。。现在我用amos的minimus2合并二者。。结果才得到了17K的合并后fasta。。悲剧。。这是什么情况呢？麻烦楼主有空解答一下。。谢谢：D

]]> Comment on 用Amos软件包里面的minimus2合并454和Illumina/Solexa拼接得到的contig by chengg http://www.dingding.biz/archives/297#comment-5086 chengg Thu, 22 Dec 2011 12:01:56 +0000 http://www.dingding.biz/?p=297#comment-5086 楼主，不知道为什么，现在装amos装不上了，configure的时候没有错误，make的时候出现 make[3]: *** No rule to make target `../../src/Align/libAlign.a', needed by `hash-overlap'. Stop. make[3]: *** Waiting for unfinished jobs.... 然后就退出编译了，楼主知道为什么么，是不是我少装了什么?网上说No rule to make target是因为makefile里面路径没写对，不知道怎么改，郁闷 楼主，不知道为什么，现在装amos装不上了，configure的时候没有错误，make的时候出现
make[3]: *** No rule to make target `../../src/Align/libAlign.a’, needed by `hash-overlap’. Stop.
make[3]: *** Waiting for unfinished jobs….
然后就退出编译了，楼主知道为什么么，是不是我少装了什么?网上说No rule to make target是因为makefile里面路径没写对，不知道怎么改，郁闷

]]> Comment on 应用于第二代测序技术的生物信息学工具[zz] by Dayanara http://www.dingding.biz/archives/282#comment-4825 Dayanara Thu, 15 Dec 2011 12:55:42 +0000 http://www.dingding.biz/?p=282#comment-4825 An intelligent point of view, well epxrsesed! Thanks! An intelligent point of view, well epxrsesed! Thanks!

]]> Comment on Protein Blast中Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST区别与选择 by heshuliu http://www.dingding.biz/archives/247#comment-4738 heshuliu Tue, 13 Dec 2011 01:36:28 +0000 http://www.dingding.biz/?p=247#comment-4738 总算找到一个简单又易懂的解释，谢谢您啊！ 总算找到一个简单又易懂的解释，谢谢您啊！

]]> Comment on 用Amos软件包里面的minimus2合并454和Illumina/Solexa拼接得到的contig by chengg http://www.dingding.biz/archives/297#comment-3960 chengg Fri, 18 Nov 2011 02:06:31 +0000 http://www.dingding.biz/?p=297#comment-3960 嗯 谢谢楼主 装好了 嗯 谢谢楼主 装好了

]]> Comment on 用Amos软件包里面的minimus2合并454和Illumina/Solexa拼接得到的contig by 丁丁 http://www.dingding.biz/archives/297#comment-3860 丁丁 Tue, 15 Nov 2011 13:35:29 +0000 http://www.dingding.biz/?p=297#comment-3860 @chengg 这个是MUMmer里面的一个软件，可以先安装MUMmer @chengg 这个是MUMmer里面的一个软件，可以先安装MUMmer

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