Illumina/Solexa培训班数据分析文档:GA Data Analysis

此文档主要讲解了由Illumina的Genome Analyzer测序仪产生的tiff图像文件分析得到包含reads序列文件的过程,包括Primary Data Analysis中的Real Time Analysis (RTA)和Off-Line base caller(OLB)的原理和使用介绍;还有后续的Secondary Analysis中的Consensus Assessment of Sequence And VAriation (CASAVA)的使用介绍,包括GERALD的使用和Variant Detection and Counting的方法。最后还有他们公司自身开发的可视化软件Genome Studio的介绍。具体的大家看文档吧~~ ppt转成的pdf格式文件,放在了google docs上面,通过以下链接访问: https://docs.google.com/fileview?id=0BwAqqiDz4fBVNzViNzkzMDktNGI3Ny00N2Y1LTk2MTgtMjRhN2Q3OGIxNjFi&hl=en 如果无法访问可以根据此文章中的方法修改hosts文件:http://www.dingding.biz/archives/181

新一代测序技术组装拼接软件velvet使用简介

目前用于新一代的测序的主要仪器有Illumina/Solexa的Genome Analyzer、ABI的Solid和Roche的454,它们都能高通量的测序,产生大量的测序结果,接下来就要对序列进行拼接,用于拼接的软件也有很多,比如velvet、soap、abyss、maq等,454的还有专门的newbler。平时用velvet比较多,就简单介绍一下。

velvet对短序列的拼接效果比较好,所以多用于对Illumina等产生的短序列片段进行组装拼接。下面以Illumina的GAII产生的结果为例进行说明。

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新一代测序技术的发展现状[zz]

一、我们将如何应对海量的基因信息

新一代测序技术带给人们大量遗传信息的同时,却成为限制其广泛应用的一个障碍。

1980年,英国生物化学家Frederick Sanger与美国生物化学家Walter Gilbert建立了DNA测序技术并获得诺贝尔化学奖,至今已有近三十年了。在这三十年,DNA测序技术取得了令人瞩目的进展。目前已进入市场的循环阵 列测序平台采用的是与Sanger生物化学测序方法完全不同的原理。在过去几年,应用极为广泛的毛细管电泳测序法采用的则是多线并行阵列格式,它运用尖端 的荧光成像技术进行碱基识别。上述各类新技术为生物学研究领域开辟了新的视角,也使实验研究达到一个新的水平。学界对开发这类新技术的兴趣持续高涨,与此 同时,人们却发现这些技术存在一定的不足——大量信息数据的产生限制了技术更加广泛的应用,并降低了其市场价值。

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