Illumina/Solexa测序Reads质量过滤软件包

刚刚在群组中看到SolexaQA软件包的发布,发表在BMC Bioinformatics上的文章,三大组件用途: * SolexaQA — 从Fastq文件统计reads质量并可视化显示。 * DynamicTrim — 根据用户设定的测序质量阈值过滤低质量碱基。 * LengthSort — 根据用户设定的Reads长度过滤质量过滤后低于此长度的Reads。 软件下载地址:http://solexaqa.sourceforge.net/ 文章地址: http://www.biomedcentral.com/1471-2105/11/485

Protein Blast中Blastp/PSI-BLAST/PHI-BLAST区别与选择

说完blastn,接着说blastp~blsatp中也有三个不同的算法可以选择,如下: blastp (protein-protein BLAST)就是简单地进行蛋白与蛋白的比对,寻找蛋白质相似序列; PSI-BLAST (Position-Specific Iterated BLAST)叫做位点特异性迭代比对,它在蛋白质数据库中循环搜索查询蛋白质,所有前一次被psi-blast发现的统计显著蛋白质序列将整合成新记分矩阵,通过多次迭代比对,直到不再发现统计显著的新蛋白质; PHI-BLAST (Pattern Hit Initiated BLAST)可以在搜索的时候限定蛋白质的模式(pattern),只给出包含此模式的比对结果。

nucleotide blast中MegaBlast/Discontiguous MegaBlast/BlastN的区别与选择

今天在准备学院培训班的试讲,复习了这部分内容,于是写下来吧~ 从blastn页面上的简单帮助可以看到Highly similar sequences (megablast)多用于比较相似性比较高(相似性在95%以上)的序列,速度快;More dissimilar sequences (discontiguous megablast)用于相似性稍低于megablast的比对,但是灵敏度和精确度更高,多用于不同物种间的同源比对;而Somewhat similar sequences (blastn)用于比对相似性较差的序列,可以比对最短7个碱基的长度,所以比对精确度最高,比对结果最多,速度最慢。 所以,在选择的时候根据你提交的序列和搜索的目的进行选择,如果是想看这段序列在数据库当中是否有收录,可以用megablast,如果想用其他物种的基因注释信息来注释一个未注释物种的序列,可以选择discontiguous megablast,如果想得到更多更全面的结果,可以选择blastn。 更详细的解释可以查看:http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/producttable.shtml#tab31

Total Commander(TC)快捷键总汇

Total commander是我最常用的资源管理器软件,但是一般还是只用到它的一些基本功能,这是远远不够的,于是搜索了一下它的快捷键,进行了整理,为了更方便快捷地使用。发现TC果真很强大~ Alt + →:浏览过的下一文件夹 。 Alt + ↓:历史文件夹列表,可以快速回溯到你曾经到过的某个文件夹。 Alt + ←:浏览过的上一文件夹。 Alt + F5:压缩文件。 Alt + F6 / Alt + F9:解压缩文件,可以同时选中多个压缩包文件解压。

最新最详细域名转入Godaddy图文教程

趁着有优惠,今天刚把一个域名转到了godaddy,于是把整个流程看图说话似地说一下,给需要的朋友~ 在转移前首先你要拿到域名的转移码,也就是Authorization Code,这个去问你原先的注册商。然后注册一个godaddy的账号,这个不多说。登陆后回到首页,点击Domains下拉菜单中的Transfer Domain:

GoDaddy最新优惠码 $0.99

SPECIAL OFFER! $0.99 DOMAIN NAME! Promo code is: FALL99 Register or transfer any available .COM, .US, .MOBI, .BIZ, .NET, .ORG, .CA, .CO.UK and .IN domain for just $0.99!* Applies to the first year only of new or transfer registrations. This offer may not be used for renewals, bulk registrations, premium domains or Sunrise/Landrush domain registrations. …

Illumina/Solexa培训班数据分析文档:GA Data Analysis

此文档主要讲解了由Illumina的Genome Analyzer测序仪产生的tiff图像文件分析得到包含reads序列文件的过程,包括Primary Data Analysis中的Real Time Analysis (RTA)和Off-Line base caller(OLB)的原理和使用介绍;还有后续的Secondary Analysis中的Consensus Assessment of Sequence And VAriation (CASAVA)的使用介绍,包括GERALD的使用和Variant Detection and Counting的方法。最后还有他们公司自身开发的可视化软件Genome Studio的介绍。具体的大家看文档吧~~ ppt转成的pdf格式文件,放在了google docs上面,通过以下链接访问: https://docs.google.com/fileview?id=0BwAqqiDz4fBVNzViNzkzMDktNGI3Ny00N2Y1LTk2MTgtMjRhN2Q3OGIxNjFi&hl=en 如果无法访问可以根据此文章中的方法修改hosts文件:http://www.dingding.biz/archives/181

免费国际顶级域名.tk域名申请和使用简介

曾经也申请过这个tk域名,不过后来从没去管它,应该也被收回了,最近从一个朋友的博客上再次看到了tk域名的消息,于是又重新申请了一个玩玩。tk域名是Tokelar岛国的专属域名,已经有百万多的免费域名被注册了。申请的网址是:www.dot.tk。点击进入它的主页,主页提供中文支持,所以更加方便了。然后点击网络域名,选择一个你想要的域名名称,点击下一步,如果这个域名已经被注册了它会提示你,只好重新再选另一个名称了,直到你选的名称没人注册。然后会进入下一步选择免费使用还是付费使用,我们当然是选择免费的了,然后再点击下一步进入设置URL转向和设置DNS的页面,这里根据你的情况自主选择,有个情况要提一下,如果你是想指向到一个wordpress博客的话,那么用URL转向是无法访问的,因为这里URL转向用了框架,好像wp不支持框架访问,所以tk域名指向wordpress无法访问的时候就改用dns的方法吧。同时输入邮箱地址和验证码,点击下一步,进入用户注册页面,输入姓名和密码后点击下一步,注册完成!进入邮箱激活你的域名。然后登陆你的账号就可以对你注册的域名进行管理,也可以注册新的域名。免费的tk域名90天内必须有25个访问,否则域名会被收回,这个你懂的~